Licznie reprezentowane są również pajęczaki (Arachnoidea).Najlepiej poznaną grupą zwierząt bezkręgowych (Evertebrata) są ślimaki (Gastropoda), których rozpoznano tu około 100 gatunków w tym kilka bardzo interesujących. Na skałkach góry "Zelce" żyją trzy gatunki rzadkich ślimaków ściśle związanych ze środowiskiem wapiennym. Jeden z nich (Pyramidula rupestris), ślimak reprezentujący element śródziemnomorski i alpejski, został stwierdzony tu na najbardziej na północ wysuniętym stanowisku w Polsce.

Naturalna dolina rzeki stanowi atrakcję nie tylko dla ryb. Również wiele gatunków ptaków znajduje tu dogodne i bezpieczne miejsce do lęgów, łowów i wypoczynku. Z lęgowych osobliwości można wymienić tracze nurogęsi (Mergus merganser), gniazdujące w ilości kilku par w dziuplach nadbrzeżnych drzew. Odnotowano tu również lęg: gągoła (Bucephala clalangu). Prawdziwą lęgową osobliwością jest para: łabędzi krzykliwych (Cygnus cygnus). Lęgi tych ptaków nie są jednak bezpośrednio związane z doliną Warty, ponieważ choć pojawiają się dość często na rzece, gniazdują na ukrytych w lasach stawach rybnych.
Atrakcyjność lęgowa doliny dotyczy nie tylko gatunków związanych bezpośrednio ze środowiskiem wodnym czy błotnym. Dziuplaste starodrzewy, zadrzewienia i zarośla łęgowe porastające liczne wyspy i brzegi doliny ściągają wiele gatunków ptaków, których biologia nie wiąże się z wodą . Łącznie odnotowano w Parku występowanie około 130 gatunków ptaków. 

   - chomik europejski (Cricetus cricetus), 
   - bóbr (Castoridae), 
   - wydra (Lutra lutra). 

   - nocek duży (Myotis myotis), 
   - nocek Natterera (Myotis nattereri). 

Nieco mniej liczne są: 

   - nocki rude (Myotis daubentonii), 
   - gacki brunatne (Plecotus auritus), 
   - mopki (Barbastella barbastellus). 

Regularnie spotyka się: 

   - nocka wąsatka (Myotis mystacinus), 
   - nocka Brandta (Myotis brandti). 

   - nocek Bechsteina (Myotis bechsteini), 
   - nocek łydkowłosy (Myotis dasycneme). 

Kolejnym ważnym miejscem zimowania nietoperzy są jaskinie rezerwatu "Węże" na górze "Zelce". Najliczniej, choć w ilości nieporównywalnej do "Szachownicy", zasiedlają jaskinię "Za kratą", wykorzystując chętnie kuliste wgłębienia kotłów eworsyjnych. Stwierdzono tu pospolicie spotykane: nocki (Myotis), gacka brunatnego (Plecotus nettereri), nocek Bechsteina (Myotis bechsteini.
Dokładnie taki sam skład gatunkowy występuje w jaskini "Niespodzianka". Jaskinie "Mała" oraz "Draba" są zasiedlane głównie przez gacki brunatne (Plecotus nettereri). Najmniej nietoperzy zimuje w jaskini "Stalagmitowej" oraz "Samaonowicza".

Charakteryzując faunę Załęczańskiego Parku Krajobrazowego nie wolno wręcz pominąć zwierząt, które żyły na tym terenie przed wieloma tysiącleciami, wiedza o których została wydobyta wraz ze szczątkami ich kości z licznych stanowisk paleontologicznych. Pierwsze tego typu znaleziska miały miejsce w roku 1933, kiedy to profesor Samsonowicz wydobył z jaskiń krasowych gór "Zelce" materiał badawczy w postaci brekcij kostnej o imponującej masie ponad 11 ton. Na podstawie analizy kości rozpoznano blisko 100 gatunków zwierząt żyjących na tym obszarze w okresie trzeciorzędu, z czego około 30 gatunków okazało się nowymi dla nauki. Najbogatszy gatunkowo materiał pochodził ze studni krasowej nazwanej jaskinią "Samsonowicza" (stanowisko paleontologiczne "Węże I"). Wydobyte stąd szczątki kostne pochodziły z bardzo wielu warstw powstałych w trzech cyklach sedymentacyjnych, tj. środkowo - plioceńskim (około 5,4 - 6,1 miliona lat), górno - plioceńskim (około 3,3 - 4,0 miliona lat) oraz staro - plioceńskim (około 0,8 - 0,9 miliona lat). 

Ze stanowiska paleontologicznego "Węże II" pochodzą osady z okresu górno - plejstoceńskiego. Wydobyta brekcja mogłaby być bezcennym materiałem badawczym gdyby nie II wojna światowa. Zbiory co prawda przechowały się w dobrym stanie, jednak oznaczenia warstw uległy zatarciu. Pozostała ogromna ilość materiału o małej wartości naukowej, ponieważ zawiera informacje o zespołach fauny ekologicznie sprzecznych. Nie sposób więc określić kiedy i w jakich warunkach geograficznych żyły dane organizmy, pozwalały jedynie na stwierdzenie jakie zwierzęta zasiedlały omawiany teren przez określony okres geologiczny.

W dalszych latach odkrywano kolejne stanowiska paleontologiczne, np. na górze "Draby" czy najnowsze w rejonie Raciszyna. Osady wydobywane z tych stanowisk, choć bez porównania uboższe od wydobytych z "Węży", posiadały nad nimi tę przewagę, że zawierały zespoły fauny charakteryzujące się zgodnością ekologiczną. W osadach jaskini "Ewy" na górze Draba rozpoznano koło 30 gatunków zwierząt plioceńskich. Były to zwierzęta z cieplejszych sfer klimatycznych. Dominującą grupę stanowiły gatunki charakterystyczne dla otwartych przestrzeni typu stepu lub sawanny jednak obecność zwierząt nadrzewnych zdradzała również istnienie terenów zadrzewionych np. lasów typu parkowego. W młodszych, czwartorzędowych osadach, znaleziono również kości zwierząt z okresu zlodowaceń, m.in. rodzinę niedźwiedzi jaskiniowych (Ursus spelaeus) niedźwiedzicę z dwoma młodymi. Nowe stanowisko z okolic Raciszyna zawierało kilkadziesiąt gatunków zwierząt z okresu plioceńskiego sprzed około 5 milionów lat. Podobnie jak w przypadku jaskini "Ewy" dominowały zwierzęta charakterystyczne dla ciepłego klimatu i otwartych przestrzeni.
Stanowiska paleontologiczne z terenu Załęczańskiego Parku Krajobrazowego są prawdziwymi unikatami. Nigdzie więcej w Europie nie napotkano miejsc o takim bogactwie gatunków czystej fauny lądowej trzeciorzędu. Wydobyty materiał badawczy stanowi nieocenione źródło wiedzy nie tylko o faunie zamieszkującej teren w minionych epokach, ale pozwala na odtworzenie warunków geograficznych, w jakich te zwierzęta żyły oraz dostarcza ważnych dowodów na przebieg wielu zjawisk geologicznych.

Dla nauki jest rzeczą ważną fakt, że wiele stanowisk paleontologicznych jest w dalszym ciągu czynna i dostępna dla każdego naukowca zainteresowanego tematem.

Teren Jury, w tym także Załęczański Park Krajobrazowy, stanowi również niewyczerpalne źródło wiedzy na temat organizmów znacznie starszych, żyjących w środowisku płytkiego morza w trakcie procesu tworzenia się skalnej płyty Jury Polskiej. Na podstawie skamieniałych zwierząt odtworzyć można w dużym stopniu skład gatunkowy mieszkańców mezozoicznych mórz, z których to wapiennych szkieletów i pancerzy osadziły się skały tworzące podłoże Parku. W licznych kamieniołomach oraz w ścianach jaskiń znaleźć można skamieliny amonitów (Ammonoidea) niekiedy o znacznych rozmiarach, wiele form (Wężyk, 2000): morskich gąbek (Porifera), małży (Bivalvia), ślimaków (Gastropoda), ślimaków (Gastropoda), belemnitów (Belemnoidea), jeżowców (Echinoidea) i innych.